روش های شبیه سازی دینامیک مولکولی

 | تاریخ ارسال: 1399/7/1 | 
 دانشکده مهندسی پزشکی       
 
تحصیلات تکمیلی   (اختیاری)
 
 
عنوان درس: روش های شبیه سازی دینامیک مولکولی
 
تعداد واحد       ۳                                                 پیش نیاز 
                                                                                      
 
                                                                           هم نیاز  
        
 

اهداف کلی درس:  

آشنایی با روش های شبیه سازی دینامیک مولکولی


رئوس مطالب:

۱. مقدمه ای بر کاربردهای دینامیک مولکولی

۲. شارهای الکتریکی و خواص آن

۳. شرح نیروهای بین مولکولی شامل
pair potential
توزیع چند قطبی
حضور دما در معادلات

۴. مکانیک مولکولی شامل
شرح سیستم گلوله- فنر (Ball- Spring)
سیستم های پیچیده تر مربوط به گلوله- فنر
Cut- offs

۵. معرفی force field های تجاری
MM۱&۲
AMBER
CHARMM

۶. سطوح انرژی پتانسیل مولکولی
روش های کمینه کردن توابع پتانسیل

۷. مقدمه ای بر ترمودینامیک آماری

۸. مدل سازی به روش مونت کارلو
Periodic Box
Flexible Molecules

۹. اتم های تک الکترون
روش شرودینگر برای اتم هیدروژن
تقریب بی نهایت هسته
تئوری دیراک برای الکترون

۱۰. مولکول های با شرایط مرزی (Geometrically Constrained Molecules)

۱۱. تشریح سیستم های حالت گداز (Transition State)



 

روش ارزیابی:
 
□ عملکردی    □ آزمون نوشتاری    ■ آزمون نهایی    ■ میان ترم    □ ارزشیابی مستمر
 



مراجع
 
1. The Art of Molecular Dynamics Simulation,D. C. Rapaport,2 nd Edition,Cambridge University Press,2004
2. Molecular modeling for beginners, Alan Hinchliffe,2 nd edition,John Willy,2008 .
3. A Guide to Bimolecular Simulations,Rob kaptein,Springer,2006


دفعات مشاهده: 484 بار   |   دفعات چاپ: 6 بار   |   دفعات ارسال به دیگران: 0 بار   |   0 نظر