بیوانفورماتیک

 | تاریخ ارسال: 1399/9/10 | 
 دانشکده مهندسی پزشکی       
 
تحصیلات تکمیلی   (اصلی)
 
 
عنوان درس: بیوانفورماتیک
 
تعداد واحد       ۳                                                 پیش نیاز 
                                                                                      
 
                                                                           هم نیاز  
        
 

 
رئوس مطالب:

1. مقدمه
اصول بیوشیمی: نوکلئیک اسیدها، پروتئین ها، لیپیدها، کربوهیدرات ها
  •  اصول زیست شناسی مولکولی: سلول ها و اندامکها، نسخه برداری، ترجمه، جهش و ترمیم آسیب، پیام رسانی سلول. . .
  • گرافیک مولکولی
  •  زمینهی مولکولی چند بیماری نمونه
  • انواع داده در زیست شناسی مولکولی: الکتروفروگرامهای ،DNA سکانسها )توالیها(، میکروآرایهها، ژلها، اسپکتروسکوپی  جرمی، NMR، کریستالوگرافی اشعه ایکس،. . .
  •  تعریف بیوانفورماتیک و تمایز آن از زیست شناسی محاسباتی
2. آنالیز توالی پروتئین و DNA
  •  اصول تکامل
  •  منبع و نوع تغییرات در توالی
  •  مرتب کردن توالی به صورت محلی و سراسری
  • مرتب کردن دو به دوی توالی Pairwise
  •  اشاره به برخی روش های مرتب کردن توالی: نمودارهای نقطهای Lipman- Pearson, Smith
  • waterman, Needleman- Wunsch, BLAST,
  • مرتب کردن توالیهای متعدد و الگوریتم های آن:Clustal w فیلوگرامها/ کلادوگرامها
  • مدل های مارکف مخفی HMM برای آنالیز توالی
  • ماتریسهای جایگزینی BLOSUM, PAM
  • پیشگویی ساختار پروتئین RNA و DNA
3. بیوانفورماتیک پروتئوم
  •  استنتاج ساختار پروتئین
  •  پیش بینی مهاجرت در الکتروفورز ژل 2D
  • پیدا کردن فله در پروفایلهای MALDI- TOF
  • مدل های آماری برای تشخیص پپتید MS/MS
  • MIAPE استانداردهایی برای ارتباط دادههای پروتئومیکس
  • جستجوی بیومارکرها

4. بیوانفورماتیک ژنوم
PHred: بررسی نرخ خطا از روی توالی الکتروفروگرامها 
تاریخچه ی NCBI
پروژهی ژنوم انسان Human Genome Project
تشخیص پلی مورفیسم

5. بیوانفورماتیک میکروآرایه
  • اصول آرایه های Cdna
  • خوشه بندی ژن ها: خوشه بندی آستانهی کیفیت
  • MIAME: استاندارهایی برای ارتباط دادههای میکروآرایه 
  • توسعه ی LIMS

6. بیوانفورماتیک سیستم ها
  • شبکه های تنظیم ژنی
  • برچسب گذاری عملکردی ژنها
  • واژههای مرتبط با انتولوژی ژن
  • کاربرد بالینی / پزشکی و درمانی بیوانفورماتیک
 
 
مراجع
 
1. Essentials of Genomics & Bioinformatics, Christoph W. Sensen. John Wiley and Sons,
Latest Edition .
9. Bioinformatics computing, Bryan Bergeron. Prentice Hall PTR, Latest Edition.
3. Bioinformatics and Functional Genomics, Jonathan Pevner. John Wiley and Sons, 2003


دفعات مشاهده: 348 بار   |   دفعات چاپ: 8 بار   |   دفعات ارسال به دیگران: 0 بار   |   0 نظر