۱- جنین شناسی سیستم­ها به منظور نحوه تشکیل بافت­های مختلف با استفاده از سیگنال­های گوناگون شامل:

سیستم اسکلتی -  سیستم عضلانی -  سیستم قلبی – عروقی -  سیستم تنفسی -  سیستم گوارشی -  سیستم عصبی -  چشم -  گوش -  پوششی

۲- عملکرد و ارتباطات
پوششی -  همبند -  پوست -  عضلات -  غضروف -  استخوان -  گردش خون

۳- ایمنی شناسی  برای شناخت  مهمترین بحث در زیست سازگاری یعنی واکنش ایمنی با هرگونه ماده خارجی شامل عناوین

 عناصر ایمنی زایی و اکتسابی

ایمنوژن­ها و انتی­ژن­ها

مکانیسم­های کنترل در پاسخ ایمنی

سایتوکین­ها و کمپلمان­ها

۴-  آسیب شناسی عمومی بمنظور شناخت حوادث و اتفاقاتی که به محض هر گونه تماس تولیدات مهندسی پزشکی با بدن اتفاق می­افتد .

- پاسخ های سلولی به استرس،  عوامل آسیب و مرگ سلول بعنوان مهمترین موضوع هم در شناخت عوامل بیماری و هم راه­های کنترل آنها

- التهاب  برای شناخت واکنش­های بدن در مقابله با هرگونه آسیب و راهکارهای مهندسی در کنترل آنها

- ترمیم و باززایی سلول­ها بعنوان نتیجه واکنش بدن در مقابل آسیب و راهکارهای بدن برایبرگشت به حالت طبیعی و کاربرد آنها در مهندسی پزشکی

- اختلالات همودینامیک بعنوان مقدمه ای بر شناخت خون­سازگاری

- نئوپلاسیا برای الگوگیری از آنها به دو منظور گریز از سیستم ایمنی و بافت سازی با تمام الزامات آن

- بیماریهای واگیردار بمنظور کاربرد در حوزه های گریز از سیستم ایمنی در مهندسی پزشکی ( مزایا  و معایب)