اصول زیست شناسی مولکولی: سلول ها و اندامکها، نسخه برداری، ترجمه، جهش و ترمیم آسیب، پیام رسانی سلول. . .
گرافیک مولکولی
زمینهی مولکولی چند بیماری نمونه
انواع داده در زیست شناسی مولکولی: الکتروفروگرامهای ،DNA سکانسها )توالیها(، میکروآرایهها، ژلها، اسپکتروسکوپی جرمی، NMR، کریستالوگرافی اشعه ایکس،. . .
تعریف بیوانفورماتیک و تمایز آن از زیست شناسی محاسباتی
2. آنالیز توالی پروتئین و DNA
اصول تکامل
منبع و نوع تغییرات در توالی
مرتب کردن توالی به صورت محلی و سراسری
مرتب کردن دو به دوی توالی Pairwise
اشاره به برخی روش های مرتب کردن توالی: نمودارهای نقطهای Lipman- Pearson, Smith
waterman, Needleman- Wunsch, BLAST,
مرتب کردن توالیهای متعدد و الگوریتم های آن:Clustal w فیلوگرامها/ کلادوگرامها
مدل های مارکف مخفی HMM برای آنالیز توالی
ماتریسهای جایگزینی BLOSUM, PAM
پیشگویی ساختار پروتئین RNA و DNA
3. بیوانفورماتیک پروتئوم
استنتاج ساختار پروتئین
پیش بینی مهاجرت در الکتروفورز ژل 2D
پیدا کردن فله در پروفایلهای MALDI- TOF
مدل های آماری برای تشخیص پپتید MS/MS
MIAPE استانداردهایی برای ارتباط دادههای پروتئومیکس
جستجوی بیومارکرها
4. بیوانفورماتیک ژنوم
PHred: بررسی نرخ خطا از روی توالی الکتروفروگرامها
تاریخچه ی NCBI
پروژهی ژنوم انسان Human Genome Project
تشخیص پلی مورفیسم
5. بیوانفورماتیک میکروآرایه
اصول آرایه های Cdna
خوشه بندی ژن ها: خوشه بندی آستانهی کیفیت
MIAME: استاندارهایی برای ارتباط دادههای میکروآرایه
توسعه ی LIMS
6. بیوانفورماتیک سیستم ها
شبکه های تنظیم ژنی
برچسب گذاری عملکردی ژنها
واژههای مرتبط با انتولوژی ژن
کاربرد بالینی / پزشکی و درمانی بیوانفورماتیک
مراجع
1. Essentials of Genomics & Bioinformatics, Christoph W. Sensen. John Wiley and Sons,
Latest Edition .
9. Bioinformatics computing, Bryan Bergeron. Prentice Hall PTR, Latest Edition.
3. Bioinformatics and Functional Genomics, Jonathan Pevner. John Wiley and Sons, 2003
نشانی مطلب در وبگاه دانشکده مهندسی پزشکی: http://aut.ac.ir/find-2.3726.6191.fa.html برگشت به اصل مطلب